Bagian II
Dua setengah tahun kemudian, Naruto kembali dari latihan dengan
Jiraiya. Organisasi kriminal bernama Akatsuki, yang salah satu
anggotanya adalah Itachi, mulai mengincar Jinchuuriki, termasuk Naruto,
untuk mengambil Bijuu
dari tubuh mereka. Beberapa ninja dari Konoha, termasuk Tim 7,
berperang melawan anggota Akatsuki dan mencari rekan mereka, Sasuke.
Akatsuki berhasil menangkap tujuh Jinchuuriki yang akhirnya tewas
setelah proses pengambilan Bijuu, kecuali Gaara, Jinchuuriki dari Ichibi.
Sementara itu, Sasuke mengkhianati Orochimaru dan menghadapi Itachi
untuk balas dendam.
Setelah Itachi tewas dalam pertempuran, Sasuke diberitahu oleh
pengembang Akatsuki, yang kemudian menjadi ketua setelah kematian Pain,
yaitu Tobi bahwa Itachi diperintahkan oleh pejabat Konoha untuk membantai seluruh klan Uchiha untuk mencegah kudeta kepada pimpinan Konoha,
namun Itachi memberikan syarat bahwa Sasuke harus terhindar dari
masalah ini. Sedih dengan pernyataan tersebut, Sasuke bergabung dengan
Akatsuki untuk membunuh pejabat Konoha yang memerintahkan pembantaian
klan Uchiha dan untuk menghancurkan Konoha demi balas dendamnya.
Sementara itu, karena beberapa anggota Akatsuki telah dikalahkan,
pengendali Pain,
yaitu Nagato, memutuskan menggunakan Pain untuk turun langsung memburu
Naruto sekaligus meluncurkan serangan terhadap Konoha untuk balas
dendam. Namun, Naruto menebusnya dengan mengalahkan Pain dan menyadarkan
Nagato, sehingga Naruto mendapatkan kekaguman dari penduduk Konoha.
Dengan kematian Nagato yang merelakan nyawanya untuk menghidupkan kembali penduduk Konoha yang tewas,
Tobi yang menyamar sebagai Madara Uchiha, mengumumkan bahwa ia ingin
mendapatkan semua dari sembilan Bijuu, sehingga yang belum tertangkap
hanya dua Bijuu lagi, untuk melakukan ilusi yang kuat untuk
mengendalikan seluruh umat manusia. Para Kage
dari lima desa ninja menolak untuk membantunya dan bekerjasama untuk
menghadapi Tobi dan sekutu-sekutunya. Hal ini menyebabkan perang dunia
ninja keempat antara pasukan aliansi dari seluruh desa ninja melawan
Akatsuki. Naruto dan Killer Bee, menolak untuk bersembunyi sebagaimana
desakan para Kage. Ketika Naruto muncul di medan perang, ia berhasil
menghancurkan topeng Tobi yang terungkap bahwa sebenarnya ia adalah Obito Uchiha,
mantan rekan satu tim Kakashi dan orang yang memberi Kakashi mata
Sharingan. Di sebuah misi bersama Tim Minato, Kakashi diselamatkan Obito
dari kejatuhan batu di gua. Melihat keadaan reruntuhan batu yang
menimpa Obito, ia diduga telah mati dan namanya diukir sebagai pahlawan
di desa Konoha, Akan tetapi, terdapat fakta bahwa ia diselamatkan oleh
Madara Uchiha yang telah tua dan memutuskan bekerjasama dengannya sejak
kematian Rin.
Setelah Sasuke mengetahui sejarah Konoha dari para Hokage, termasuk
keadaan yang menyebabkan kehancuran klan-nya, ia memutuskan untuk
melindungi desa dan bergabung kembali kepada Naruto dan Sakura untuk
menghentikan rencana Madara dan Obito yang memanfaatkan Juubi. Namun,
setelah Juubi dikalahkan, tubuh Madara akhirnya dirasuki oleh Kaguya
Ōtsutsuki, seorang legenda leluhur ninja yang berniat untuk melenyapkan
seluruh umat manusia, dan Obito mengorbankan diri untuk membantu Tim 7
untuk menghentikan Kaguya. Setelah Kaguya dikalahkan, Madara juga mati,
tapi Sasuke memutuskan untuk mengambil keuntungan dari situasi ini dan
mengendalikan para Bijuu untuk mewujudkan tujuannya mengubah sistem
desa. Naruto menghadapi Sasuke untuk menghentikannya, dan setelah mereka
hampir saling membunuh dalam pertempuran sengit, Sasuke mengakui
kekalahannya, walaupun sebenarnya mereka imbang. Setelah perang, Kakashi
menjadi Hokage keenam. Lalu Sasuke dimaafkan dan ia memutuskan untuk
mengembara yang bertujuan untuk melihat dunia ninja yang telah ia
abaikan. Beberapa tahun kemudian, Kakashi pensiun dan Naruto menggantikan jabatannya, menjadikan Naruto sebagai Hokage ketujuh
