Cerita dimulai ketika seekor monster rubah ekor sembilan atau disebut menyerang Konoha,
sebuah desa shinobi yang terletak di negara Api. Kekacauan terjadi di
desa Konoha dan korban banyak berjatuhan. Akhirnya ada seseorang yang
berhasil melenyapkan Kyuubi dengan menyegel sebagian chakra Kyuubi itu
ke tubuhnya sendiri dan sisanya disegel ke tubuh Naruto, orang yang
berhasil menyegel monster rubah ekor sembilan itu dikenal sebagai
Yondaime Hokage, Hokage ke-4 atau Minato Namikaze
yang tidak lain adalah ayah dari Naruto. Penyegelan itu menggunakan
jurus Dewa Kematian sehingga risikonya adalah kematian Hokage ke-4
sendiri.
Dua belas tahun kemudian, tersebutlah seorang anak bernama Naruto Uzumaki
yang sering membuat onar di desa Konoha. Naruto melakukan hal itu
karena menginginkan perhatian dari penduduk desa yang menjauhinya karena
rubah di tubuhnya atau disebut sebagai wadah monster berekor atau Jinchuuriki. Naruto tidak mengetahui hal itu, karena Hokage ke-3 melarang penduduk desa Konoha menceritakan serangan Kyuubi tersebut.
Kehidupan Naruto sebagai Genin pun dimulai dengan terbentuknya Tim 7 yang beranggotakan Naruto Uzumaki, Sasuke Uchiha dan Sakura Haruno, dengan Kakashi Hatake sebagai guru mereka. Saat menjalankan tes dengan Kakashi,
Naruto, Sasuke dan Sakura nyaris tidak lulus. Karena melihat kekompakan
tim antara Naruto dan Sasuke maka Kakashi pun meluluskan mereka, dengan
alasan yang pernah dikatakan temannya yaitu Obito dari klan Uchiha, "Orang yang tidak taat pada peraturan adalah sampah tapi orang yang membiarkan temannya menderita lebih hina daripada sampah!"
Saat jeda ujian chuunin, Naruto yang menjalani latihan dengan guru barunya ini bertemu dengan seorang pertapa yang bernama Jiraiya
sang Sannin katak. Jiraiya lalu membuka segel chakra Kyuubi saat
melatih Naruto berjalan di atas air, karena sebelumnya chakra Naruto
tidak stabil. Naruto lalu memaksa Jiraiya untuk mengajarinya jurus baru
karena menganggap Jiraiya telah mengganggu latihannya. Jiraiya
mengajarkan jurus pemanggilan hewan. Semula Naruto hanya dapat memanggil
seekor berudu merah kecil, setelah Jiraiya melemparkannya ke tebing,
Naruto berhasil memanggil katak raksasa bernama Gamabunta. Jiraiya tertarik pada sifat Naruto
yang penuh tekad dan pantang menyerah menjinakkan Gamabunta.
Misi pengejaran sasuke
Keempat ninja bunyi utusan Orochimaru, yaitu Tayuya, Sakon, Kidomaru,
dan Jirobou datang ke Konoha untuk menjemput Sasuke ke tempat
Orochimaru. Setelah diperintah Orochimaru pada malam hari, mereka
bertemu Sasuke, terjadi pertarungan antara Sasuke dengan Tayuya, Sakon,
Kidomaru, dan Jirobou. Setelah pertarungan itu, mereka mengajak Sasuke
pergi dari Konoha. Mereka mengatakan tentang kekuatan yang akan
diberikan Orochimaru, lalu Sasuke tertarik untuk pergi dengan berpikir
bahwa dirinya harus menjadi lebih kuat agar dapat membunuh Itachi, kakak dari sasuke yang telah membunuh seluruh klan uchiha.
Mereka menunggu Sasuke di luar desa pada malam harinya, Sasuke segera
meninggalkan Konoha, namun sebelum itu Sakura bermaksud meyakinkan
Sasuke untuk tidak pergi tetapi gagal. Pada keesokan paginya segera
diketahui Hokage ke-5 yaitu Tsunade dan segera memerintahkan Shikamaru untuk membuat tim
untuk membawa pulang Sasuke. Setelah berkeliling Konoha tim terbentuk,
tim terdiri dari Shikamaru, Chouji, Kiba, Naruto, dan Neji, pengejaran Sasuke dimulai.
Pengejaran terhadap Sasuke ternyata tidak semudah yang mereka
bayangkan. Keempat Ninja bunyi sudah siap menghadang Tim Shikamaru.
Mereka adalah bawahan Orochimaru yang memiliki kekuatan sangat hebat dan
sangat kuat. Dan pada akhirnya mereka melawan para ninja bunyi dengan
taruhan nyawa. Pertarungan pertama dimulai oleh Chouji melawan Jirobou,
yang dimenangkan oleh Chouji setelah ia menelan pil merah terakhir yang
bisa mengubah lemak dalam tubuhnya yang sangat gemuk menjadi chakra.
Pertarungan selanjutnya giliran Hyuga Neji si pemilik Byakugan dengan
Kidoumaru. Pertandingan ini juga dimenangkan oleh pihak Shikamaru dan
kawan-kawan. Setelah Neji menerima sengaja serangan terakhir Kidoumaru
yang berbentuk panah berwarna emas yang terbuat dari jaring yang keluar
dari mulut Kidoumaru, yang kemudian Neji menyalurkan chakra melalui
jaring-jaring itu untuk merusak jaringan organ dalam Kidoumaru.
Selanjutnya pertarungan oleh Shikamaru dengan Tayuya, serta Kiba dengan
Sakon, yang tidak lama kemudian Naruto pun bertarung dengan Kimimaro,
bawahan Orochimaru yang menyusul misi keempat Ninja Bunyi, keturunan
terakhir klan Kaguya pemilik kemampuan tulang yang bisa memanipulasi
tulang dalam tubuhnya. Tapi kemudian Naruto digantikan oleh Rock Lee
yang tiba-tiba saja datang setelah proses penyembuhan operasi tulang
belakang dirinya. Dan semua pertarungan itu dimenangkan oleh Tim
Shikamaru setelah dibantu tiga Shinobi dari Sunagakure yang tidak lain
adalah Gaara, Temari, dan Kankuro. Pertarungan dengan ninja bunyi pun
berakhir dengan kemenangan. Tapi pengejaran Sasuke tetap dilakukan oleh
Naruto seorang diri, dan pengejaran berlanjut.
Diperbatasan negara Hi, Naruto berniat membawa kembali Sasuke ke
Konoha namun keduanya bertarung di Lembah Kematian Konoha, tempat
pertarungan bersejarah antara Hashirama Senju (Hokage pertama) dan
Madara Uchiha (mantan ketua klan Uchiha). Saat pertarungan, Naruto
berubah menjadi mode 1 ekor sementara Sasuke memasuki Joutai ke-2 dan
membangkitkan Sharingan level 3, yang akhirnya pertarungan itu
dimenangkan oleh Sasuke setelah beradu Rasengan dengan Chidori, sebab
serangan terakhir Naruto hanya menggores ikat kepala Sasuke sementara
Sasuke berhasil menimpakan hantaman keras di dada Naruto.
Setelah kejadian itu, Naruto masih bertekad memenuhi janji seumur
hidup kepada Sakura untuk membawa pulang Sasuke ke Konoha, meski dia
sering merasa terbebani karena gagal memperoleh kepercayaan sahabatnya
sendiri, Sasuke. Jiraiya mengajak Naruto untuk mengembara dan berlatih
selama 3 tahun dengan harapan memperkuat Naruto.
